中央部门预算的编制流程，可以简单概括为准备阶段加“两上两下”五个阶段。
一、准备阶段：时间节点为每年4至5月份，主要参与方为财政部和中央部门。主要目的是通过开展项目清理工作，前置预算编制环节，提高部门预算编制的科学性和准确性，逐步实现预算编制的滚动管理。主要工作是对本年度已经批复的项目进行清理，提出滚动列入下一年度中央部门预算的“前三类项目”和打捆项目，并下达中央部门。主要程序为，按照逐层汇总的原则，由中央部门先进行清理并将清理结果报财政部，由财政部审核确定后反馈中央部门，作为下一年度预算编制的基础。
二、“一上”阶段：时间节点为6至7月份，主要任务是由中央部门提出下一年度预算建议数。在财政部门确定的预算原则及指导下，各支出部门组织本部门和下属单位编制预算，从基层预算单位编起，层层审核汇总，最后由一级预算单位审核汇编成部门预算建议数，报财政部。同时，提供相关的基础数据和相关资料，主要包括涉及基本支出核定的编制人数和实有人数，增人增编的文件，项目支出的文件依据和测算说明等。
三、“一下”阶段：时间节点为8至10月份，主要任务是确定并下达预算控制数。对中央各部门上报的预算建议数，由财政部门内部各相关职能处室对部门预算建议数进行初步审核，报预算司审核平衡，并按照规定的程序反复协商、沟通，最后由预算司汇总形成中央本级预算初步方案，报经国务院批准后，向各部门下达预算控制数。涉及有预算分配权部门的指标，由财政部相关业务司局对口联系，其分配方案并入“一下”控制数，列入相关中央部门预算，由财政部统一向中央部门下达。
四、“二上”阶段：时间节点为每年11月至次年2月，主要任务是形成下一年度中央预算和各部门预算草案。中央部门根据财政部下达的预算控制数，编制部门预算草案上报财政部。基本支出在支出经济分类科目之间由中央部门根据自身情况和财务制度规定自主编制；项目支出必须按照财政部下达的预算控制数进行编制，并对支出项目进行分解细化，落实到项目具体承担单位。财政部在对各中央部门上报的预算草案审核后，汇总成按支出功能分类编制的中央本级财政预算草案和部门预算，报国务院审批后，再报全国人大常委会预算工作委员会和全国人大财经委进行预先审查和初步审查，最后提请全国人民代表大会审议。
五、“二下”阶段：时间节点为3至4月份，主要任务是以正式文件的形式逐级批复、下达年度预算。根据预算法第五十二条的规定在全国人民代表大会批准预算后20日内，财政部统一向中央部门批复预算，各部门在财政部批复本部门预算之日起15日内，批复所属各单位的预算。中央对地方的一般性转移支付应当在全国人民代表大会批准预算后30日内正式下达。中央对地方的专项转移支付应当在批准预算后90日内正式下达。
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