中央部门支出预算由基本支出预算和项目支出预算组成。
一、基本支出预算。主要是为保障单位机构正常运转、完成日常工作任务而编制的年度支出计划，包括人员经费和日常公用经费两部分。基本支出预算按照综合预算、优先保障和定额管理等原则，由预算单位按照单位编制人数以及基本支出定额标准，即定员定额标准编制。根据部门预算管理的有关规定，基本支出定员定额标准由双定额构成，即综合定额和财政补助定额。综合定额是针对综合预算而言的，是指财政部按人或物核定的部门、单位总体或某个定额项目的大口径支出标准，如财政部核定某单位在职职工人均支出水平5万元每年，人均5万元每年即为综合定额；财政补助定额是指财政部对与其有预算缴拨款关系的部门、单位按人或物核定的财政补助标准，是为了保证财政预算分配的公平、公正和规范而制定的分配标准，即财政预算分配定额，如财政部按某单位在职职工人数人均补助2万元每年，人均2万元每年即为财政补助定额。通常根据各个支出部门的性质和职能，采用分类、分档确定标准的方法。
二、项目支出预算。项目支出预算是部门支出预算的另一重要组成部分，是中央部门为完成其特定的行政工作任务或事业发展目标，在基本支出预算之外编制的年度支出计划。包括基本建设、有关事业发展专项计划、专项业务费、大型修缮、大型购置、大型会议等项目支出。项目支出预算具有专项性、独立性和完整性等特征。项目支出预算按照综合预算、科学论证、合理排序、追踪问效等原则编制。2007年政府收支分类改革后，主要采用类别分类的方法。为了提高预算安排的科学性，为项目按照“轻重缓急”排序奠定基础，根据项目的重要性，将预算项目分为国务院已经研究确定的项目、经常性专项业务费项目、跨年度支出项目和其他项目四类。为了实现对预算项目的滚动管理，根据项目的存续时间又将预算项目分为新增项目和延续项目。目前主要采用项目库管理的方式。项目预算由预算单位根据部门预算编制规程，在对上年预算批复项目进行清理的基础上滚动编制，即从上年预算已批复项目中，确定下年预算需继续安排的延续项目，并根据下年实际需要增加新的项目。基本支出和项目支出预算，各部门、各单位按财政部制定的《中央本级基本支出预算管理办法》、《中央本级项目支出预算管理办法》执行。
三、项目支出绩效评价及绩效预算改革试点。我国在中央一些部门和一些地方开展了项目绩效评价和绩效预算改革的试点。绩效预算的基本理念就是根据项目预算的绩效来分配财政资金。哪个项目应当做、不应当做，应当花多少钱来做等都由该项目未来产生的绩效来确定。因此，在项目计划阶段通过对项目可能产生绩效的事先评价，评价结果成为部门和财政在进行资金分配时的重要依据。
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