政府性基金预算的编制遵循“以收定支、专款专用、收支平衡、结余结转下年安排使用”的原则。基金支出根据基金收入情况安排，自求平衡，不编制赤字预算。当年基金预算收入不足的，可使用以前年度结余资金安排支出；当年基金预算收入超出预算支出的，结余资金结转下年继续安排使用。各项基金按规定用途安排，不调剂使用。预算法第九条规定：“政府性基金预算应当根据基金项目收入情况和实际支出需要，按基金项目编制，做到以收定支。”主要是对于一些可以统筹使用的资金，可加大统筹力度。
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